Khan dilahirkan pada 2 November 1965 kepada ibu bapa yang beragama Islam di New Delhi, India.[6][7] Bapanya, Meer Taj Mohammed Khan, yang berketurunan Pashtun, ialah seorang aktivis kemerdekaan India dari Peshawar, Raj British, yang kini dikenali sebagai Pakistan. Menurut Khan, datuk sebelah bapanya berasal dari Afghanistan.[8] Ibunya, Lateef Fatima Khan, ialah anak perempuan angkat Mejar Jeneral Shah Nawaz Khan daripada puak Janjua Rajput,[nota 1] yang berkhidmat dalam Tentera Kebangsaan India.[11][12][nota 2]

Membesar di kejiranan Rajendra Nagar Delhi,[14] Khan menghadiri Sekolah St Columba, di mana beliau cemerlang dalam sukan, drama, dan ahli akademik. Beliau memenangi anugerah Pedang Kehormat, iaitu sebuah anugerah tahunan yang diberikan kepada pelajar yang terbaik mewakili sekolah. Khan kemudiannya menghadiri Kolej Hansraj (1985-1988) dan mendapat Ijazah Sarjana Muda dalam Ekonomi. Apabila Kolej Hansraj meraikan ulang tahun mereka yang ke-50, ia memberikan diri 17 lambang penghargaan kepada alumni yang telah cemerlang dalam kehidupan dan profesion mereka. Khan adalah salah seorang daripadanya. Walaupun beliau mengejar Ijazah Sarjana dalam Komunikasi massa di Jamia Millia Islamia, beliau kemudiannya memilih untuk berhenti untuk mengejar kerjaya di Bollywood.[15] Beliau juga telah menghadiri Sekolah Kebangsaan Drama di Delhi.[16]

Biarpun Khan diberi nama lahir Shahrukh Khan, beliau lebih suka namanya ditulis sebagai Shah Rukh Khan, dan biasanya dirujuk oleh singkatan SRK. Selepas kematian ibunya, Khan berhijrah ke Mumbai pada tahun 1991.[17] Beliau berkahwin dengan Gauri Chibber, yang beragama Hindu, dalam sebuah majlis perkahwinan tradisional Hindu pada 25 Oktober 1991.[18] Mereka mempunyai dua orang anak, seorang anak lelaki yang bernama Aryan, yang dilahirkan pada tahun 1997, dan seorang anak perempuan yang bernama Suhana, yang dilahirkan pada tahun 2000. Menurut Khan, ketika beliau percaya dalam Islam, beliau juga menghargai agama isterinya. Di rumah, anak-anaknya mengikuti kedua-dua agama, dengan Al-Quran diletakkan bersebelahan dengan dewa-dewa Hindu.[19]